Od 1990. do 1999. imao je ključan utjecaj na hrvatskoj vanjskoj i unutrašnjoj politici. Tijekom političkog raspada Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije godine 1990. zagovarao je reformu jugoslavenske federacijske zajednice u savez konfederalnih država, dok je istodobno jačao državnu i obrambenu sposobnost Hrvatske. Kada je Srbija uz pomoć JNA otvoreno podržala srpske pobunjenike u Hrvatskoj te im se pridružila u otvorenoj agresiji na Hrvatsku godine 1991., on im se suprotstavio organiziranom hrvatskom vojnom silom. U proljeće i ljeto 1995. Hrvatska je vojska pod njegovim zapovjedništvom u akcijama "Bljesak" i "Oluja" oslobodila velike dijelove okupiranoga hrvatskog teritorija. Godine 1997. političkom je akcijom pregovaranja s međunarodnom zajednicom uspio mirno reintegrirati Hrvatsko Podunavlje u političko-teritorijalni sastav Republike Hrvatske, čime je uspostavio cjelovitost Republike Hrvatske u međunarodno priznatim granicama i formalno završio dugogodišnji rat. U odnosu prema Bosni i Hercegovini vodio je politiku zaštite hrvatskih interesa, koja se zbog razvoja vojnih i političkih prilika tijekom rata u Bosni i Hercegovini razvijala od vojnog savezništva s bosanskohercegovačkim muslimanima protiv srpske agresije tijekom godine 1992. i 1993., podržavanja bosanskohercegovačkih Hrvata u sukobima s bosanskohercegovačkim muslimanima tijekom 1993., obnovom savezništva s bosanskohercegovačkim muslimanima i stvaranjem Federacije Bosne i Hercegovine godine 1994. i slanjem hrvatske vojske u Bosnu i u Hercegovinu tijekom 1995. koja je uništila srpsku vojnu silu i omogućila uspostavu nove, "daytonske" Bosne i Hercegovine, kao zajednice triju ravnopravnih naroda.
U znanstvenoj i kulturnoj karijeri bio je redaktor i pomoćnik glavnog urednika Vojne enciklopedije, suradnik i redaktor enciklopedija Jugoslavenskog leksikografskog zavoda, član uredništva vojno-teorijskog časopisa Vojno delo, glavni i odgovorni urednik časopisa Putevi revolucije, član izdavačkog odbora časopisa Forum i Hrvatski tjednik, član Upravnog i Izvršnog odbora Matice hrvatske 1970-ih godina, predsjednik Povijesne komisije Matice hrvatske od 1970., član Društva hrvatskih književnika od 1970. i Hrvatskog centra PEN-a od 1987. Počasni je doktor Sveučilišta Jolla iz San Diega od 1990. U svojim znanstvenim istraživanjima bavio se poviješću Hrvatske u 20. stoljeću te razvojem vojne doktrine općenarodne obrane i prava svakog naroda na vlastitu vojsku, čime je došao u sukob s centralističko-hegemonističkim strukturama poslijeratne Jugoslavije.
